مشكلات حكومت ديني، فرع ثبوت حكومت در دين و داعيه حكومت داشتن دين است كه آيا دين مي تواند حكومت داشته باشد و آيا دين چنين ادعاي را دارد و يا اين چيزي است كه ما به ريش دين بسته ايم؟ آيا حكومت ديني معنايي دارد؟ آيا دين در اين وسعت كه از توتم تا اديان هندو و بودايي و چيني و ژاپني را شامل مي شود و اديان وحياني مثل يهوديت و مسيحيت و اسلام را در بر مي گيرد، با حكومت سازگار است؟ پاسخ به اين سوالات و دهها شبهه ديگر در اثبات و سير حكومت ديني در كتاب از معرفت ديني تا حكومت ديني آمده است. نوشتار حاضر بعد از اثبات قاطع حكومت براي دين،‌اعم از حكومت معصوم كه منتصب از جانب وحي است و غير از معصوم كه انتساب به معصوم را دارد به اهداف بلند حكومت ديني مي پردازد. بررسي مشكلات حكومت ديني در فرض حاكميت معصومي چون اميرمومنان عليه السلام بخش اول مبحث حاضر مي باشد. بخش دوم بررسي مشكلات حكومت ديني در فرض انحراف از سنت معصوم و گرفتار شدن به بدعت است. و بخش سوم بررسي مشكلات حكومت ديني در فرض حاكميت سالم،‌ولي ضعيف مي باشد. اين نوشتار حاصل سخنراني استاد علي صفائي حائري در رمضان سال 77 و 78 مي باشد كه به مشكلات حكومت ديني پرداخته است.