ـ السید علی بن جعفر:
یقول العلامة المجلسی فی تحفة الزائر: «من جملة المعروفین بعظمة المنزلة، علی بن جعفر (علیه السلام) المدفون بقم.
كان أصغر اولاد الامام الصادق (علیه السلام) وقد شهد استشهاد ابیه وهو طفل. فتكفل الامام الكاظم بتربیته فتدرج شیئاً فشیئاً فی درجات الفضل والكمال وصار عالماً زاهداً عظیم القدر. وقد نقل روایات كثیرة عن الامام الكاظم (علیه السلام) . وقد ادرك زمان الامام الرضا والامام الجواد والامام الهادی (علیهم السلام) . وكان علی بن جعفر فی زمان الامام الجواد (علیه السلام) كهلاً موقراً یتمتع بمنزلة كبیرة ولكنه مع ذلك كان یتصرف مع الامام الجواد بكامل الاحترام والتعظیم. فكان ـ فی المجالس ـ یقدّم نعلی الامام بین یدیه، وفی مسجد النبی (صلى الله علیه وآله) استقبل الامام الجواد (علیه السلام) وقبّل یده الشریفة. ولما عاتبه البعض من اصحابه على هذه التصرفات، قال: «أنا له عبد».
ـ السید علی
یقع فی الجانب الشرقی من مدینة قم بجانب شارع (15 خرداد) مقام ذو قبة یُنسب الى احد أحفاد قمر بنی هاشم (علیه السلام) ، وبحسب التحقیق الذی اجراه احد الكتّاب فان سلسلة نسبه هی كالتالی:
«علی بن ابراهیم بن ابی جعفر الحسن بن عبیدالله بن ابی الفضل العباس (علیه السلام) ». كان السید علی من كرماء بنی هاشم واشتهر بجلالة قدره وعظمة منزلته. كان له من الأولاد تسعة عشر، منهم: عبیدالله بن علی الذی كان فاضلاً شجاعاً زاهداً وتوفی سنة 312. وكتاب الجعفریات الذی یمثل دورة فقهیة كاملة من تألیفه.
ـ السید ابراهیم
یقع مرقد السید ابراهیم فی شارع (امامزادة ابراهیم) الواقع غرب محطة القطار بقم، وتعلوه قبه سامقة تهفو الیها قلوب محبی اهل البیت.
ویحوی هذا المرقد الشریف بحسب ماذكره آیة الله المرعشی (رضی الله عنه) اثنین من احفاد الامام موسى بن جعفر (علیه السلام) وهما: الاول: السید الجلیل ابو اسماعیل، ابراهیم بن ابی جعفر محمد بن ابی طالب محسن بن ابی الحسن ابراهیم العسكری بن موسى الثانی (ابو السبحة) بن ابراهیم مرتضى بن سیدنا ومولانا «موسى بن جفعر (علیه السلام) » والثانی: السید ابو جعفر محمد والد السید ابراهیم.
هاجر السید ابو جعفر محمد مع عمه اسحاق الذی دفن فی بقعة یقال لها «شاهزادة اسحاق» (بین ساوة وآوة) من العراق الى قم، وبعد مدة توفی ودفن فیها. وبعد أن دُفن السید ابراهیم ـ الذی كان من كبار المحدّثین والعلماء وله كتب منها: كتاب الامامة وكتاب القضاء ـ الى جانب قبر ابیه سمّیت هذه البقعة باسم «امامزادة ابراهیم» وتوفی السید ابراهیم بحدود سنة 400 هـ.
ـ السید حمزة
یوجد مقابل میدان (كهنه) فی قم شارع (آذر) قبة ومقام شامخ یضم مراقد ثلاثة من ابناء واحفاد الامام موسى بن جعفر (علیه السلام) . احدها للسید حمزة والآخر لأبیه حسین والثالث لجده احمد بن اسحاق. والجد الاعلى لهؤلاء هو السلطان السید اسحاق المدفون فی ساوة.
واما سلسلة نسبه فهی مایلی: السید حمزة بن حسین بن احمد بن اسحاق بن ابراهیم عسكر بن موسى (ابو السبحة) بن ابراهیم المرتضى بن الامام موسى بن جعفر (علیه السلام) . ومرقد هذا السید الجلیل یقصده الكثیر من الناس وطالما كانت تنتهی النزاعات والخصومات المعقّدة بین الناس عن طریق الحضور عنده والقسم والحلف أمامه.
وذكر البعض ان السید هذا هو ابن الامام موسى بن جعفر مباشرة الا ان التحقیق یثبت انه كان من احفاده.