پس از حرم حضرت فاطمه معصومه عليها السلام در شهر قم، مهمترين ويژگي اين شهر وجود حوزه علميه مي باشد، حوزه اي كه انقلاب را به وجود آورد، هدايت كرد و به پيروزي رساند و امروز اين حوزه محل رشد و تعاليِ هزاران نفر از سراسر دنيا و شهرهاي مختلف ايران است. امام خميني رحمه الله كه خود دانش آموخته و پرورش يافته اين حوزه است، آن را به بزرگي مي ستايد، در ادامه بيانات امام (ره)در خصوص قم، جايگاه حوزه علميه را در بيان امام بازمي شناسيم.
» ارزش تحصيل در قم
«يك روز طلبگي در قم را بر وضع كنوني خودم ترجيح مي دهم و من هر وقت كه امكان پذير باشد به قم خواهم آمد.»( صحيفه نور، ج 14، ص 402)
» عنايت به فقه و فقاهت در حوزه
«حوزه علميه قم به تحصيلات علوم اسلامي، بالأخص فقه و فقاهت، عنايت كامل مبذول دارند و روش هزار ساله فقهاي شيعه را همچنان ادامه دهند.»( همان، ج 14، ص 402).
» زنده بودن ايران به حوزه قم
«حوزه قم زنده كرد ايران را. حوزه قم خدمتي به اسلام كرده است كه تا صدها سال ديگر اين خدمت باقي است. كم نشمريد آقايان اين را. دعا كنيد به حوزه قم و دعا كنيد ما هم اين جور بشويم. صدها سال ديگر هم اسم حوزه قم در تواريخ هست.»( همان، ج 3، ص 338).
» ايستادگي حوزه علميه قم
«حوزه قم، حوزه زنده است، كشته مي دهد، مي كشد، كشته مي دهد. عرض مي كنم كه اگر بتواند مي كشد. الآن هم تحت فشار هست و مع ذلك زنده [است ] مع ذلك ايستاده است. طلبه قم ايستاده است، قمي ايستاده است. ملت قم ايستاده است؛ كتك مي خورد و ايستاده است. طلبه قم كشته مي دهد و ايستاده است و لهذا زنده است. اصلاً در اذهان مردم هرچي هست قم است؛ و من براي نجف متأسفم. من قمي هستم اما براي نجف متأسفم. ما علاقه داريم به همه اينها. ما علاقه داريم به يك همچو حوزه هزار و چند صد ساله. نگذاريد اين حوزه از بين برود. نگذاريد اين حوزه، منسي بشود... روابط بايد باشد بين حوزه قم، حوزه تهران و همه شهرستان ها. روابط مي خواهد. سازمان بايد بدهيد به اين قيام، متفرقات نباشد، سازمان داشته باشد كه اگر يك روزي قم ايستاد تمام ملت بايستد.»( همان، ج 3، ص 394).
» درود برحوزه علميه بيدار قم
«درود برجوانان غيور حوزه علميه بيدار قم و ساير حوزه ها كه با سرافرازي به نهضت روحانيت ادامه و رونق دادند.»( همان، ج 3، ص 314، (پيام، 2/11/1356).
» لزوم حفظ حوزه علميه قم
امام(ره) در مورخه 23/11/1344، در پاسخ به نامه آيةالله سيدحسين خادمي، نگراني خويش را از به خطر افتادن حوزه علميه قم چنين بيان مي نمايد: «... اين جانب بحمدالله سلامت هستم، لكن از وضع ايران و گرفتاري مسلمانان ناراحت و نگران هستم. اميد است خداوند تعالي فرج عاجل عنايت فرمايد و از اين كه مرقوم فرموديد «اميد است بتوانم به حوزه قم كمك كنم» موجب تشكر است. حوزه قم را لازم است آقايان نگهداري كنند و نگذارند شكست به آن، خداي نخواسته، وارد شود.»( همان، ج 2، ص 66)